De Waddenzee biedt een enorme verscheidenheid aan diersoorten vergeleken met andere wetlands langs de kust; hier leven meer dan 10.000 soorten. De beschikbaarheid van voedsel en de geringe verstoring zijn essentiële factoren die maken dat trekkende soorten kunnen overleven. De biodiversiteit van de hele wereld is afhankelijk van de Waddenzee.

zijn ​in de laatste decennia ontstaan, de Kachelotplate (170 ha) nabij de Nedersaksische eilanden Memmert en Juist, en een nieuw eiland van ongeveer 14 ha op de Norderoogsand in Sleeswijk-Holstein. Deze eilanden zijn ontstaan uit groeiende zandplaten die tijdens hoogwater niet meer overspoeld werden en waarop zich als gevolg ervan planten hebben kunnen vestigen. Maar er zijn ook verliezen, hele zandplaten zijn verdwenen. Dit illustreert de hoge dynamiek waarmee natuurlijke processen in de Waddenzee plaatsvinden.

De Waddenzee heeft zich in de laatste 8000 jaar gevormd, sinds het einde van de laatste IJstijd. Het is daarmee in geomorfologisch en evolutionair opzicht een tamelijk jong ecosysteem.

De biomassaproductie in de Waddenzee is een van de hoogste in de wereld ten opzichte van andere vergelijkbare kustgebieden. Dit komt het duidelijkst naar voren door het grote aantal vissen, schelpdieren en vogels. De ecosystemen van de Waddenzee houden dierenpopulaties tot ver buiten het gebied in stand.

De Waddenzee is een van de belangrijkste gebieden voor trekvogels in de wereld. Er kunnen ongeveer 6 miljoen trekvogels op hetzelfde moment in de Waddenzee aanwezig zijn, en gemiddeld 10-12 miljoen vogels trekken jaarlijks in de herfst en in de lente door het gebied.

De hoeveelheid biomassa op mosselbanken is 2.000 g per m², vergeleken met ongeveer 65 g per m² op de gewone wadbodem.